CS23D

CS23D er en web-server til at generere 3D strukturelle modeller fra NMR-kemiske skift. CS23D kombinerer maksimal fragment samling med kemiske skift gevindskæring, de novo struktur generation, kemiske skift-baserede vridning vinkel forudsigelse, og kemisk skift raffinement. CS23D gør brug af RefDB og forskydningX.

CS23D inputformater

CS23D accepterer kemiske skift filer i enten omskiftelig eller BMRB formater.

CS23D muligheder

En bruger kan

  • Udelukke en protein fra at blive anvendt som template
  • Ignorer høj identitet homologer på listen over tilgængelige skabeloner
  • Ændre antallet af modeller i den endelige ensemble
  • Ændre antallet af model optimering trin

CS23D udgang

CS23D udgang består af et sæt af 10 bedst-score FBF koordinater. Et hyperlink til den fælles bedste score struktur er også fastsat. Den overordnede CS23D score, videnbaseret score, kemisk skift score, Ramachandran plot statistik, korrelationer mellem de observerede og beregnede forskydninger før og efter raffinement vises. En konklusion om strukturen pålidelighed er givet til brugeren.

CS23D protokol

Homologisøgning: søgesekvensen bruges til at finde homologe proteiner og / eller proteinfragmenter i et ikke-redundant database af PDB sekvenser og sekundære strukturer af PPT-DB ved hjælp af BLAST.

Homologimodellering: homologimodellering er udført af Homodeller programmet, som er en del af PROTEUS2 programmet. Proteinerne, der er identificeret under homologisøgning trin anvendes som skabeloner i homologimodellering.

Kemisk skift re-referencer: Kemiske skift er gen-henvist af RefCor, som er en del af RCI webserver backend.

Sekundær struktur forudsigelse fra kemiske skift: sekundær struktur er forudsagt ud fra kemiske skift af CSI.

Torsion vinkel forudsigelse fra kemiske skift: Torsion vinkler forudsiges fra kemiske skift ved preditor.

Kemisk skift gevindskæring: Backbone Phi og Psi torsionsvinkler forudsagt fra kemiske skift ved preditor er kortlagt i ni forskellige regioner i Ramachandran rum, som hver er tildelt specifikke bogstaver. Et protein kan repræsenteres ved en sekvens af disse ni "torsion vinkel bogstaver". Thrifty bruger disse sekvenser af vridning vinkel breve til at identificere gode skabeloner i en database over -18 500 redundante PDB strukturer, der har haft deres strukturer omdannes til de ni bogstaver Ramachandran "alfabet".

På lignende måde, er kemiske skift threading desuden udføres med tre bogstaver sekundær struktur alfabetet og sekundær struktur forudsagt ud fra kemiske skift af CSI programmet.

Model samling: subfragmenter identificeret ved homologimodellering og kemiske skift threading trin samles til indledende 3D-modeller ved hjælp CS23D SFassembler. De første modeller er evalueret af GAFolder scoring funktion og den bedste model er yderligere forfinet af GAFolder.

Ab initio foldning: ab initio foldning gøres ved Rosetta når ingen template blev identificeret ved homologi modellering og kemisk skift threading trin. Rosetta-modeller vurderes af GAFolder scoring funktion og de bedste Rosetta modeller er forfinet af GAFolder.

Model optimering: Model optimering i CS23D gøres ved en vridning-vinkel-baserede minimizer GAfolder, der bruger en genetisk algoritme til at prøve kropsbygning plads. Fremgangsmåden ligner den, der anvendes af GENFOLD. GAFolder gør torsion vinkler bevæger sig inden for de områder, der er defineret af de værdier og usikkerheder torsionsvinkler forudsagt af preditor. GAFolder evaluerer proteinmodeller af bedømmelsesfunktionen beskrevet nedenfor.

Scoring funktion: Scoring funktion af GAFolder består af videnbaserede scorer og kemiske skift scoringer.

De videnbaserede scoringer nævnes:

  • inertiradius score,
  • hydrogenbinding energi,
  • antal hydrogenbindinger,
  • dårlige kontakter selv,
  • disulfidbinding score,
  • modificeret threading energi baseret på Bryant og Lawrence potentiale.
  • Ramachandran score, der evaluerer normalitet model torsion vinkler Phi og Psi
  • Omega score, der evaluerer normalitet model torsion omega vinkler
  • Chi score, der er baseret på forventede chi vinkler til forskellige Phi og psi kombinationer.

Det kemiske skift komponent i GAfolder bedømmelsesfunktion anvendelser:

  • vægtede koefficienter af korrelation mellem de eksperimentelle kemiske skift og kemiske skift beregnet af forskydningX 1.0.
  • aftale mellem model sekundær struktur og sekundær struktur forudsagt af CSI fra eksperimentelle kemiske skift.

CS23D delprogrammer

  • CSI - forudsigelse af sekundær struktur fra kemiske skift
  • BLAST - sekvensalignment, homologisøgning
  • PROTEUS2 - homologimodellering
  • Preditor - forudsigelse af torsionsvinkler fra kemiske skift
  • Pepmake - bygning protein modeller torsion vinkler og sekvens
  • PPT-db- sekundær struktur database
  • Rosetta - ab initio struktur generation
  • RCI- estimering usikkerhed af torsionsvinkler forudsiges ud fra kemiske skift ved preditor
  • ForskydningX 1.0 - bruges til at generere koefficienter korrelation mellem observerede kemiske skift og skift forudsagt af forskydningX fra protein-modeller
  • SFAssembler - maksimal fragment samling
  • GAFolder - kemisk skift raffinement via en genetiske algoritme
  • Sparsommeligt - kemisk skift gevindskæring
  • RefCor - kemisk skift re-referencer

CS23D afhængighed af template sekvensidentitet

CS23D er en skabelon-baserede metode. Derfor er dens ydeevne afhænger af sekvens identitet valgte skabelon, se billedet til højre. Ligeledes Rosetta er et fragment-forspændt metode. Dens ydeevne afhænger af kvaliteten af ​​udvalgte fragmenter. Fragment kvalitet og således kan Rosetta ydeevne forbedres ved anvendelse af kemiske skift under trin valg fragment af. En strukturel løsning, der ikke påvirket af en skabelon struktur eller fragment struktur, kan man overveje at opnå NOE-baserede distance begrænsninger og bruge dem med GeNMR programmet i dets ab initio tilstand.

  0   0
Forrige artikel Anastylosis
Næste artikel Udfordrende Umuligheden

Kommentarer - 0

Ingen kommentar

Tilføj en kommentar

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Tegn tilbage: 3000
captcha