BitterDB

Den BitterDB er en database af forbindelser, der blev rapporteret til at smage bittert for mennesker.

Resumé

Grundlæggende smag kvaliteter som surt, salt, sødt, bittert og umami tjene specifikke funktioner i at identificere fødevarer komponenter findes i kosten af ​​mennesker og dyr, og er anerkendt af proteiner i mundhulen. Anerkendelse af bitter smag og aversion mod det menes at beskytte organismen mod indtagelse af giftige fødevarer forbindelser, som ofte er bitre. Bitter smag receptorer udtrykkes ikke blot i munden, men også i ekstraorale væv. BitterDB database, som findes på omfatter over 550 forbindelser, der blev rapporteret til at smage bittert for mennesker. Forbindelserne kan søges efter navn, kemisk struktur, lighed med andre bitre forbindelser, tilhørsforhold til et bestemt menneske bitter smag receptor, og så videre. Databasen indeholder også oplysninger om mutationer i bitre smag receptorer, der blev vist at påvirke receptor-aktivering af bitre forbindelser.

Database Oversigt

Bitter forbindelser

BitterDB øjeblikket indeholder mere end 550 forbindelser, der blev citeret i litteraturen som bitter. For hver forbindelse, databasen giver oplysninger om sine molekylære egenskaber, referencer til forbindelsens bitterhed, herunder yderligere oplysninger om den bitterhed kategori af forbindelsen, forskellige sammensatte identificeret ERS, en angivelse af, om forbindelsen er afledt fra en naturlig kilde eller er syntetisk, en link til forbindelsens pubchem indrejse og forskellige fi le formater til downloading. Omkring 100 bitre forbindelser er blevet eksperimentelt knyttet til deres tilsvarende humane bitter smag receptorer. For de forbindelser, BitterDB giver yderligere oplysninger, herunder links til de publikationer, der angiver disse ligand-receptor interaktioner, den effektive koncentration for receptor-aktivering og / eller EC50-værdi og links til de tilhørende bitre smag receptorer poster i BitterDB.

Querying og browsing

Bitre forbindelser kan forespørges og gennemses på forskellige måder. For eksempel, "avanceret søgning 'indstilling giver brugeren mulighed for at hente forbindelser, der passer forskellige kriterier, såsom en kombination af specifikke fysiske egenskaber eller en kombination af tilhørende humane bitre smag receptorer. Ud over de-forespørgsler muligheder brugeren kan gennemse en sortering i stand tabel med alle BitterDB forbindelser.

Bitter smag Receptorer

Desuden BitterDB indeholder data om de 25 kendte humane bitter smag receptorer. Flere ejendomme vises for hver receptor. Den bitre smag receptorer kan søges ved hjælp af forskellige kriterier: navn, kendt ligander og UniProt tiltrædelse nummer. Ved hjælp af en tabel, der præsenterer alle den bitre smag receptorer og nogle oplysninger om dem, kan brugeren gennemse og også sortere efter forskellige muligheder, såsom antallet af bitre ligander associeret med receptoren.

Lokal BLAST service og global justering

BitterDB tilbyder to yderligere funktioner: en lokal BLAST tjeneste til at bestemme den lokale lighed mellem en forespørgsel sekvens og de forskellige humane bitre smag receptorer, og en global ensretning af de 25 humane bitre smag receptorer. Tilpasningen blev dannet ved anvendelse ClustalW2, og viser den sekundære struktur af hver receptor, som forudsagt af TOPCONS server.

Brugere kan uploade Bitter forbindelser

BitterDB tilbyder en "upload" valgmulighed, hvorved brugere opfordres til at indsende oplysninger om bitre forbindelser. Disse data vil blive gennemgået af forfatterne og uploades til databasen i overensstemmelse hermed. Brugerne kan deltage i mailinglisten for at modtage database opdateringer.

Eksempler

  0   0
Forrige artikel Bay Checkerspot
Næste artikel Annemarie Moser-Pröll

Kommentarer - 0

Ingen kommentar

Tilføj en kommentar

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Tegn tilbage: 3000
captcha