BALL

Den open source-projekt BALL består af den alsidige C ++ klasse rammer BALL, et bibliotek af algoritmer og datastrukturer rettet molekylær modellering og beregningsmæssige strukturelle bioinformatik, en Python interface til dette bibliotek og open source grafisk interface til BALL, den molekylære seeren BALLView.

Biblioteket BALL er suppleret med en Python interface til scripting funktionalitet. Desuden BALL byder kommando linje forsyningsselskaber.

BALL er blevet porteret til operativsystemerne Linux, Solaris, Microsoft Windows og Mac OS X. BALLview bruger Qt samt OpenGL. BALL har udviklet sig fra et kommercielt produkt til en fri-of-charge, open source software udgivet under GNU Lesser General Public License.

Dens molekylære fremviser BALLView er udviklet af bolden projektteamet så godt og giver mulighed for tre-dimensionelle visualisering samt direkte anvendelse af algoritmerne bolden biblioteket via sin grafiske brugerflade.

BALLView bruger OpenGL og real-time ray tracer RTFact som gør tilbage ender. For både, BALLView tilbyder stereoskopisk visualisering i flere forskellige tilstande.

BALLView er et C ++ anvendelse af BALL og er tilgængelig under GPL licensen til Linux, Solaris, Microsoft Windows og Mac OS X.

Bolden Projektet er udviklet og vedligeholdes af grupper ved Saarland University, Mainz Universitet og University of Tübingen. Både biblioteket og seeren er stærkt brugt til både uddannelse og forskning. BALL pakker er blevet gjort tilgængelige i Debian-projektet i april 2010.

Nøglefunktioner

  • Interaktiv molekylær tegning og konformationel redigering
  • Læsning og skrivning af molekylære filformater
  • Læsning sekundære datakilder, f.eks
  • Generering molekyler fra og matchning af SMILES- og kløgt udtryk for molekyler
  • Geometrioptimering
  • Minimizer og molekylære dynamik klasser
  • Støtte til kraftfelter til scoring og energi minimering
  • Python Interface og scripting funktionalitet
  • Plugin infrastruktur
  • Molekylære grafik
  • omfattende dokumentation
  • omfattende regressionstest
  • BALL projekt format til præsentationer og kollaborative dataudveksling
  • QSAR *
  • NMR
  • redigerbare genveje

 Eksperimentel funktionalitet den næste version

 funktionalitet BALLView

BALL bibliotek

Den Biokemisk Algoritmer Bibliotek BALL er en omfattende hurtig ramme for strukturelle bioinformatik applikationsudvikling. BALL er blevet omhyggeligt designet til at løse programmering eksperter såvel som nybegyndere. Brugerne kan drage fordel af BALL rige funktionalitet, samtidig tilbudt en omfattende rammer for C ++ datastrukturer og algoritmer. En række standard strukturelle bioinformatiske algoritmer udbydes og nye algoritmer kan nemt tilføjes.

Brug BALL som et programmeringssprog værktøjskasse ikke blot muligt at reducere applikationsudvikling gange, men også hjælper med at sikre stabilitet og korrekthed ved at undgå fejlbehæftede reimplementering af komplekse algoritmer og erstatte dem med opkald ind i biblioteket, der er blevet godt testet af en stort antal udviklere.

BALL understøtter en rig variation af molekylære filformater som FBF, MOL2, MOL, HIN, XYZ, KCF, SD, AC samt sekundære datakilder som DCD, DSN6, gamess, JCAMP, SCWRL, og TRR. Kan også skabes molekyler ved hjælp af BALL s peptid bygherre eller baseret på SMILES udtryk.

Yderligere validering forberedelse og struktur er aktiveret som fx Kekuliser-, Aromaticity-, Bondorder-, HBond- og sekundær struktur processorer. Et fragment Bibliotek udleder automatisk manglende oplysninger, fx et proteins hydrogenatomer eller obligationer. En Rotamerpopulation Bibliotek tillader at bestemme, tildele, og skifte mellem et protein mest sandsynlige side chain konformationer. BALL transformation processorer guide generation af gyldige 3D strukturer. Sin udvælgelse mekanisme gør det muligt at angive dele af et molekyle med enkle udtryk. Dette valg kan bruges af alle modellering klasser ligesom processorer eller kraftfelter.

Hurtig og stabil implementeringer af de populære kraftfelter CHARMM, Amber og MMFF94 kan kombineres med boldens Minimizer og simulering klasser.

En række standard strukturelle bioinformatiske algoritmer udbydes og nye algoritmer kan nemt tilføjes.

Eksempel

Følgende program læser en FBF fil, tilføjer manglende oplysninger som obligationer og hydrogenatomer, optimerer brint positioner ved hjælp af AMBER kraftfeltet, og skriver det resulterende molekyle i en anden pdb fil.

Python interface

SIP bruges til automatisk at oprette python klasser for alle relevante C ++ klasser i BALL biblioteket for at give mulighed for den samme klasse grænseflader. Python klasser har samme navn som den C ++ klasser, så portering kode, der bruger BALL fra C ++ til Python er normalt en triviel opgave.

For eksempel, ovennævnte C ++ kode kan oversættes til

Python-grænseflade er fuldt integreret i fremviseren ansøgningen BALLView og dermed giver mulighed for direkte visualisering af resultater beregnet af python scripts. Desuden kan BALLView betjenes fra scripting interface og tilbagevendende opgaver kan automatiseres.

BALLView

BALLView er BALL s standalone molekylær modellering og visualisering ansøgning. Desuden er det også en ramme for udviklingen af ​​molekylær visualisering funktionalitet.

BALLView tilbyder standard visualisering modeller for atomer, obligationer og overflader samt gitter baseret visualisering for fx elektrostatiske potentialer. BALLView gør det muligt at indlæse et antal molekyler samtidigt, og alle repræsentationer kan skjules eller vises efter behag. En stor del af funktionaliteten af ​​biblioteket BALL kan anvendes direkte på den fyldte molekyle i BALLView.

BALLView understøtter en række moderne visualisering og input metoder som f.eks, forskellige stereo modes, plads navigator og VRPN-understøttede Input-enheder.

På CeBIT 2009 blev BALLView fremtrædende præsenteret som den første komplette integration af real-time ray tracing teknologi i en molekylær viewer og modellering værktøj.

  0   0
Forrige artikel Airnorth
Næste artikel Antioch mosaikker

Kommentarer - 0

Ingen kommentar

Tilføj en kommentar

smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile smile smile smile smile
smile smile smile smile
Tegn tilbage: 3000
captcha